学校始建于1962年，前身为喀什师范专科学校，从建校到1978年的16年间，是自治区5所高等院校（新疆大学、新疆工学院、八一农学院、新疆医学院、新疆喀什师范专科学校）中唯一一所高等师范院校，在新疆特别是南疆基础教育、社会稳定和经济发展方面发挥了不可替代的重要作用。1978年升格为本科院校，更名为喀什师范学院。2003年获得硕士学位授权单位资格。

体育学院于2018年获批教育硕士专业学位硕士点1个（学科教学体育专业），2021年获批体育硕士专业学位硕士点1个（分为体育教学、社会体育指导2个专业），2022年获批自治区产学研研究生联合培养基地1个。目前在校研究生38名。

体育学院现有硕士生导师17名，2023年新增3人，其中教授6人，副教授11人；博士5人，硕士12人。

体育学院研究生教育与时俱进，开拓创新，充分发挥学科齐全、科研力量雄厚等优势，突出教育、训练、科研三结合。先后与中国足球发展基金会、自治区体育局、喀什地区体育局等多家单位合作共建了一批研究生基地。

当前，体育学院认真学习习近平总书记关于研究生教育工作的重要指示、批示精神，全面贯彻落实全国研究生教育会议有关要求，积极推进学院研究生教育综合改革，全面提升研究生培养质量，努力为体育强国建设培养更多高层次人才。